De musical Fun Home gaat over de grafisch schrijver Alison, die onverwacht haar vader verliest. De musical maakt een duik in het verleden van Alison om het verhaal te vertellen van de volatiele, briljante en unieke man wiens temperament en geheimen de familie en Alison's leven gedefinieerd hebben.
Wisselend tussen heden en verleden herbeleeft Alison haar unieke kinderperiode, spelend bij het begrafenishuis van de Bechdel familie, haar groeiende begrip over haar eigen seksualiteit en de opdoemende, onbeantwoorde vragen over de geheime verlangens van haar vader.